蕭叡涵 律師
最高行政法院於109年2月13日作成109年度判字第77號（下稱本號判決），稽徵機關審查營利事業申報之免稅所得是否合於規定，係以營利事業是否向財政部申請五年免徵營利事業所得稅為前提。
本號判決之事實為，原告結算申報103年度營利事業所得稅，列報合於獎勵規定之免稅所得，經被告查獲其未依限向財政部申請5年免徵營利事業所得稅，乃核定免稅所得0元，應補稅額16,611,799元（下稱原處分）。原告不服，申請復查，遭被告決定駁回；原告仍不服，提起訴願，亦遭駁回，遂向台北高等行政法院（下稱原審）提起行政訴訟。經原審判決駁回，提起上訴。
本號判決指出，觀諸促進產業升級條例第8條及第9條立法意旨，為鼓勵創立或擴充對經濟發展具重大效益、風險性高且需扶植之新興重要策略性產業，對符合要件之公司提供股東投資抵減或其本身所得5年免徵營利事業所得稅擇一適用之租稅優惠。另依促進產業升級條例第8條第3項之授權，行政院訂定發布新興產業獎勵辦法，針對新興重要策略性產業之適用範圍、核定機關、申請期限、申請程序等事項規範。而公司之創立或擴充符合新興產業獎勵辦法規定，依促進產業升級條例第9條第1項規定選擇適用所得5年免徵營利事業所得稅者，依法得主張免稅權利。為規範公司取得免稅權利之申請程序及其協力義務，行政院發布促進產業升級條例施行細則第19條及第20條之程序規定。因此，公司欲適用促進產業升級條例第9條新興重要策略性產業5年免徵營利事業所得稅，除須符合新興產業獎勵辦法規定要件外，尚須依促進產業升級條例施行細則第19條及第20條規定申請程序，向被上訴人申請5年免徵營利事業所得稅，始享有免稅獎勵。是以，稽徵機關審查營利事業申報之免稅所得是否屬合於獎勵規定之免稅所得，係以營利事業是否依法向財政部申請5年免徵營利事業所得稅為前提。
本號判決進而表示，促進產業升級條例第71條雖概括授權行政院訂定施行細則，但從促進產業升級條例整體規定之關聯意義觀之，其施行細則第19條及第20條規定之申請程序、期限，符合促進產業升級條例之立法意旨，未逾越母法規定之範圍。況促進產業升級條例規範之租稅獎勵，係立法者考量經濟發展之需要，擇定特定產業或特定用途，額外授予之租稅減免特權，並非限制人民之自由或權利，有關法律保留原則的適用不若干涉行政之嚴格，其施行細則第19條及第20條對公司取得免稅特權所為程序規定，難謂違反法律保留、授權明確性原則或租稅法定主義。符合新興重要策略性產業適用範圍之公司選擇所得5年免徵營利事業所得稅者，既須經過申請程序，經財政部核准始取得免稅特權，則於財政部作成核准處分前，即無免稅特權可言，難以主張有請求權消滅時效之適用。本案上訴人於營利事業所得稅結算申報，自不能主張所得可享受促進產業升級條例規定之免稅權利，亦即其於本件營利事業所得稅結算申報，已確定無免稅權利可資準據。