萧叡涵 律师
最高行政法院于109年9月3日作成109年度判字第459号判决（下称本号判决）表示，税捐机关对农业用地作农业使用证明书之证据力，有审酌权限而不受其拘束，故补征土地增值税之核课期间应依税捐稽征法第21条第1项规定为之。
本号判决之事实为，被上诉人申报移转诉外人即被上诉人父亲A赠与系争土地，并检附X乡公所农业用地作农业使用证明书，向上诉人（新竹县政府税务局）申请依土地税法第39条之2第1项规定不课征土地增值税，经审查资料尚无不符，原核准不课征土地增值税在案。嗣后X乡公所撤销系争土地之农业用地作农业使用证明书，是上诉人对被上诉人补征土地增值税（下称原处分）。被上诉人复以涂销登记为由向上诉人申请更正核定土地增值税，然未检附向地政机关办理涂销登记之土地登记誊本，上诉人否准其申请。被上诉人并向上诉人申请展延缴纳期间，经上诉人检送核定展延缴纳期间之土地增值税缴款书，准予展延缴纳期间。被上诉人不服，提起行政诉讼，请求撤销诉愿决定及原处分（含复查决定）。经原审判决撤销诉愿决定及原处分（含复查决定）。上诉人不服，提起上诉。
本号判决指出，按土地税法第39条之2第1项、农业发展条例第39条、土地税法施行细则第58条规定可知，申请不课征土地增值税，应检具农业主管机关核发之农业用地作农业使用证明书，向该管税捐稽征机关办理。法律规定农业用地作农业使用证明书提出，是立法者明定的证明方法，亦是申请获准之要件。而农业用地作农业使用证明书对待证事实实质证据力如何，税捐稽征机关有审酌税法相关规定之权限。另按税捐稽征法第21条规定、同法第22条第1款、第2款规定，可知核课期间应以核课权成立之日起算，依法应由纳税义务人申报缴纳之税捐，已在规定期间内申报者，核课期间自申报日起算；依法应由纳税义务人申报缴纳之税捐，未在规定期间内申报缴纳者，自规定申报期间届满之翌日起算。如已逾核课期间，依税捐稽征法第21条第2项规定，则不得再补税处罚。如上所述，税捐稽征机关对农业用地作农业使用证明书就待证事实实质证据力如何，有审酌权限，不受证明书拘束，则税捐稽征机关非俟农业主管机关撤销原核发农业用地作农业使用证明书，始得据以补征土地增值税。其行使核课权，与农业主管机关何时通知税捐稽征机关撤销原核发农业用地作农业使用证明书之时点无关。
本号判决进而表示，系争土地上有5座坟墓，其中1座存于新竹县政府编定前，其余4座存于编定后，坟墓以外为杂木林。被上诉人虽表示系争土地上坟墓已存在多年，被上诉人从未隐蔽，X乡公所承办人至现场勘查时一定会看到坟墓，被上诉人未故意以诈欺或其他不正当方法逃漏税捐，惟系争土地上是否有坟墓存在及其存在时点，属当事人（被上诉人）所掌握之证据数据，核发农业用地作农业使用证明书之乡公所承办人员未直接参与当事人之生活活动，其能掌握之资料不如当事人（被上诉人）。而系争土地整体作农业使用之状态，系为获准核发农业用地作农业使用证明书之重要事项，被上诉人或其父A未据实以告有土地使用编定后之坟墓存在，取得农业用地作农业使用证明书。被上诉人进而持以申请不课征土地增值税，上诉人认被上诉人有以不正当方法为之。上诉人究有无以不正当方法漏税之情，与核课期间应否适用税捐稽征法第21条第1项第3款规定7年，密切相关。核课期间自被上诉人申报移转受赠系争土地申报日起开始起算，上诉人以原处分对被上诉人补征土地增值税，已逾5年但尚未逾7年。如已逾核课期间，即不得再为补税；如仍在核课期间内，上诉人查明系争土地上有4座编定后才存在之不合法坟墓，且系争土地之农业用地作农业使用证明书经主管机关撤销，溯及既往失其效力，则原审就应依职权调查之事实，未依职权调查及审究，亦未厘清何以无土地税法第39条之2第1项规定法定必备之农业用地作农业使用证明书，却尚得享有不课征土地增值税，及未自土地增值税之核课原则上系以整笔农业用地之使用状态暨其上坟墓应于土地使用编定前即存在为认定依据而论断，遽以违法之坟墓面积占土地总面积比例并援引比例原则，径认符合农地农用而为被上诉人有利之判决，有判决适用法规不当、不适用法规及理由不备之违法。